導語

訊聯生技集團喺 COVID-19 期間參與清冠一號嘅療效分析,運用 AI 輔助生物資訊分析,喺 24 小時內完成中草藥成分同逾 3 萬個人體及 COVID-19 相關蛋白質標的嘅比對,相關成果後期發表喺《Biomedicine》等期刊。

呢家老牌生技公司嘅「底牌」唔單止係用 AI,而係一套叫 Harness 工程 嘅規管框架——將 AI 可以動用嘅工具、輸入嘅資料、每個步驟嘅品管驗證、以及軟體同資料版本,全面鎖死。目的?林文賢一句話講明:避免 AI「已讀亂回」。

由 2010 年開始寫程式串分析

訊聯早喺 2010 年併購一間生物資訊公司,自建分析團隊,並自行開發機器學習演算法。佢哋嘅 AI 暨數據應用中心資深經理林文賢講,傳統生物資訊分析「每一步驟都是程式」——研究員得自己寫 R、Perl、Python 程式,串起資料清理、含量計算、文獻比對、統計檢定,再交實驗室驗證。

林文賢形容傳統機器學習就好似一部「工具機」:輸 A 出 B,但整條研發流程仲要人設計同串接。換個人執行,就可能因為工具版本、操作方式而得唔同結果。

生成式 AI 入場

生成式 AI 興起後,訊聯將 AI 納入文獻搜尋、罕見病或神經退化性疾病嘅機制整理、以及程式開發。蔡政憲舉例,團隊用 AI 喺兩日內從龐大組閤中篩出 18 條候選胜肽序列,再交實驗室合成驗證。

Harness:鎖工具、鎖資料、鎖版本

林文賢強調,呢套框架覆蓋整條生物資訊分析流程,唔止管生成式 AI。具體做法包括:AI 可使用嘅工具必須列明、R 分析套件版本必須由團隊同資安聯手鎖定、研究員唔可自行升級;每份基因報告必須註明軟體、資料庫、輸入資料版本,確保可溯源。

下一步:生物世界模型

訊聯進一步將目標定喺「生物世界模型」——預測一個生物訊號入細胞後,會牽動邊啲基因、作用路徑同細胞功能。佢哋今年 7 月發表嘅 DeepExoMir 模型,就係其中一塊「拼圖」。

阿調搞兩下:AI 開始幫公司做分析,最怕嘅就係黑箱——輸入咗乜、用咗邊個版本嘅套件、最後出咗邊個答案,全部冇紀錄。訊聯呢套 Harness 工程,好少見咁將「工具鎖死 + 版本留底 + 可重現」寫成制度。但生物世界模型真係做得到,定係又一次「大模型」式吹水?等佢哋出得嚟先估。

—— 阿調|深度調教